Как православные, так и неправославные верующие часто подвергаются дискриминации без особых на то причин. Недавно созданные в системе МВД Центры «Э» по борьбе с экстремизмом и прокуратура, создавая видимость "работы", часто заниматься не профилактикой экстремизма, а ищут то, с чем легко справиться (к примеру, пытаются запретить футболки с надписями или же проверяют библиотеки в баптистских церквях и выносят на основании этих проверок предписания о недопущении экстремистской деятельности), а реальный экстремизм при этом уходит от ответственности.

Найти в этой деятельности, которая охватывает всю страну, какую-либо логику, разумные основания и осознанные цели, невозможно. Тем не менее, конституционный принцип свободы совести и вероисповедания постоянно нарушается.

Движущей силой дискриминации верующих являются невежество, стремление выполнить "план" или гласные и негласные указания ФСБ и прокуратуры (даются указания о предъявлении исков и проверках, органы прокуратуры и ФСБ собирают совещания, где распространяют сведения о неправославных церквах как о потенциальных шпионах, инспирируются оскорбительные статьи в СМИ).

Но избирательная политика дискриминации и контроля над религией совсем не помогает развитию РПЦ или иных традиционных религий. По сути борьба с православными патриотами или же с баптистами и пятидесятниками, которых, как в достославные советские времена, эксперты-психиатры готовы по заказу ФСБ и прокуратуры признать сумасшедшими, антирелигиозна в целом. Она основана на нежелании разбираться в том, что такое религиозное мировоззрение.

Внеправовая и внеконституционная идеология «адекватного» ответа всем угрозам безопасности в сфере религии, между тем, не является, скажем так, официальной, ее лишь косвенно можно проследить в высказываниях политиков, чиновников и силовиков, это не строгая, логично выстроенная теория. Это своего рода фобия. Именно поэтому и формы дискриминации различны — хаотичны и часто абсурдны и необъяснимы с точки зрения закона или обыкновенного здравого смысла.

В публичном пространстве непосредственными источниками дискриминации становятся обычные чиновники, сотрудники органов прокуратуры и МВД — их действия, как правило, формально объясняются невежеством и незнанием специфического религиозного законодательства, международного опыта, отсутствием стремления найти особый подход к религиозным объединениям и к отдельным верующим. Но все это не объсняет того факта, почему же все же судебные решения принимаются, выносятся предупреждения, проводятся проверки, делаются заведомо неправосудные и противоречащие разуму экспертизы.