Закончившийся в конце декабря 2010 года второй процесс над бывшими руководителями компании ЮКОС Михаилом Ходорковским и Платоном Лебедевым фактически является частью юридического преследования, начатого в 2003 году. Существует несколько версий того, почему именно руководители ЮКОСа оказались под ударом. По одной, Ходорковский вызвал крайнее раздражение Владимира Путина, когда на встрече президента с представителями РСПП в феврале 2003-го заявил, что на коррупцию в России в 2002 году было истрачено 30 миллиардов долларов, приведя в качестве примера не слишком «чистую» покупку «Роснефтью» компании «Северная нефть». По другой, Путин заподозрил, что Ходорковский, который открыто финансировал несколько партий, а также занимался культурно-просветительской деятельностью, замышляет захват власти. Наконец, Кремль мог испытывать недовольство запланированной сделкой по обмену акций между слившимися ЮКОСом и «Сибнефтью» и американской нефтяной компанией «Шеврон-Тексако», в результате чего ЮКОС превращался бы в международную компанию и ушел из-под контроля Кремля.

Платон Лебедев был арестован в июле 2003 года, а Михаил Ходорковский — в октябре. Спустя два года они были осуждены на  девять лет лишения свободы каждый (впоследствии срок был сокращен до восьми лет). Бизнесменов объявили виновными по шести статьям УК, в том числе в мошенничестве, хищении денежных средств у государства, хищении ценного сырья апатитового концентрата в крупных размерах, нескольких неисполнениях решений арбитражных судов, уклонении от уплаты налогов.

Как раз в ходе первого процесса прокуратура опробовала все те методы, которые широко применяла и в ходе второго. Прежде всего, это объявление обычных законных финансовых операций преступными. Таким образом, любая успешная сделка, приносившая прибыль, автоматически преподносилась как криминальная. Тяжесть такого «преступления» лишь усиливалась, если в сделках участвовало государство. Вместо доказательств обвинение приводило ничего не объясняющие детали сделок. Расчет был на то, что, запутавшись в информации, публика перестанет следить за процессом. Прокуроры совершенно не заботились о том, чтобы им поверил суд. Они знали, что судья проштампует любой приговор. И в самом деле, приговор почти дословно повторял обвинительное заключение. При этом сама компания ЮКОС была обанкрочена и куплена за бесценок некоей «Байкалфинансгруп», созданной специально для того, чтобы перевести активы крупнейшей компании России в государственную «Роснефть».  Желая хоть как-то обосновать необходимость осуждения Ходорковского и Лебедева, власти запустили в подконтрольные СМИ версии о том, что преступная деятельность руководителей ЮКОСа варьировалась от организации убийств неугодных людей до финансирования чеченских боевиков. Впоследствии тезис о том, что у Ходорковского и Лебедева «кровь на руках» использовал в своих выступлениях Владимир Путин.

Как ни жесток был первый приговор, его оказалось недостаточно. Срок заключения Ходорковского заканчивался в середине 2011 года, за несколько месяцев до парламентских и президентских выборов. И это вновь показалось опасным.

5 февраля 2007 года Ходорковскому и Лебедеву были предъявлены обвинения по двум статьям Уголовного кодекса РФ: статье 160 — хищение путем присвоения, и статье 174 — легализация (отмывание) денежных средств или иного имущества. Ходорковскому и Лебедеву вменялось хищение акций дочерних организаций ОАО «Восточная нефтяная компания». Кроме того, по версии следствия, в 1998-2004 годах Ходорковский и Лебедев участвовали в хищении нефти у ОАО «Самаранефтегаз», ОАО «Юганскнефтегаз» и ОАО «Томскнефть». Нефть этих предприятий они якобы сначала покупали по себестоимости, а затем через подконтрольные фирмы продавали по цене, завышенной примерно в 3-4 раза. В июле 2008 года СКП РФ предъявило Ходорковскому и Лебедеву обвинение в «хищении путем присвоения» почти 350 миллионов тонн нефти и «легализации денежных средств в особо крупном размере» (отмывание 487 миллиардов рублей и 7,5 миллиарда долларов).

Процесс по делу начался 31 марта 2009 года. Во время слушаний Ходорковский и Лебедев неоднократно заявляли, что не понимают сути предъявленных им обвинений. Защита Ходорковского и Лебедева определила обвинение как «набор ... бездоказательных утверждений о якобы совершенном хищении и легализации всей нефти, добытой за 6 лет деятельности НК ЮКОС». По словам Ходорковского, то, что обвинение назвало «легализацией», является «отдельными примерами большого количества обычных сделок размещения (временного) средств вертикально интегрированной нефтяной компании "ЮКОС" казначейством компании на российском и международном финансовом рынке».

В ходе процесса обвинение придерживалось старой тактики: в суд было представлено гигантское количество документов, но при этом никак не объяснялось, что эти документы доказывают. В то же время свидетели защиты, среди которых были глава Сбербанка Герман Греф и министр промышленности и торговли Виктор Христенко, фактически подтвердили: ни присвоения денежных средств, ни их отмывания в действиях ЮКОСа не было и они соответствовали закону. Бывший премьер-министр Михаил Касьянов выступил в суде в защиту бывшего владельца ЮКОСа, заявив, что деятельность этой и других нефтяных компаний тщательно контролировалась правительством и потому обвиняемые похитить нефть не могли.

В октябре 2010 года стало известно, что прокуратура снизила претензии к Ходорковскому и Лебедеву: к этому времени они уже обвинялись в хищении не 350, а 218 миллионов тонн нефти. Обвинение заявило также о намерении смягчить требуемое наказание, однако продолжало настаивать на доказанности вины бывших руководителей и потребовало для них по 14 лет заключения.

Суть происходившего в Хамовническом суде предельно точно выразил в своем последнем слове Михаил Ходорковский: «Я знаю, есть люди, я называл их в процессе, которые хотят оставить нас в тюрьме. Оставить навсегда! В общем, они это особо не скрывают, публично напоминая о существовании «вечного» дела ЮКОСа.

Почему не скрывают? Потому что хотят показать: они — выше закона, они всегда добьются того, «что задумали». Пока, правда, они добились обратного: из нас — обычных людей — они сделали символ борьбы с произволом. Это получилось. Это не наша заслуга — их».

Фотография ИТАР-ТАСС